真核生物轉錄調控：概念、策略與方法

前言
緒言
縮略詞
1真核基因轉錄調控的基礎知識
引言
基因調控的基本模型
概念和策略：Ⅰ啟動子和基本轉錄機構
概念和策略：Ⅱ激活因子和抑制因子
概念和策略：Ⅲ染色質和基因調控
概念和策略：Ⅳ增強體
2初始策略
引言
概念和策略
基因調控分析的首要步驟
達到特定目標所需投入的時間和資源
論證分析的可行性
進行轉錄調控分析
總結
3MRNA豐度的調控模式
引言
概念和策略
轉錄起始與MRNA穩(wěn)定性
轉錄延伸
前提MRNA差異剪接.MRNA的轉運和多聚腺苷酸化
技術
4轉錄起始位點的定位
引言
概念和策略
初始階段需要考慮的問題
引物延伸
RNASE保護
S1核酸酶分析
CDNA末端的快速擴增
技術
5啟動子的功能性分析方法
引言
概念和策略
分析方法的選擇：各種分析方法的優(yōu)缺點
瞬時轉染分析
通過染色體整合的穩(wěn)定轉染分析
技術
哺乳動物細胞的常用轉染方法
常用的報道酶分析法
6遠距離調控區(qū)的鑒定和分析
引言
概念和策略
DNASEI超敏感性分析
基質附著區(qū)的鑒定
遠距離調控區(qū)的功能性分析法
用語表征距離調控區(qū)的功能性分析
7鑒定調控區(qū)中的順式作用DNA元件
引言
概念和策略
通過綜合性突變分析鑒定調控元件
利用體內或題外蛋白質-DNA相互作用鑒定調控元件
通過數(shù)據(jù)庫分析鑒定調控元件
誘變技術
8DNA結合蛋白的鑒定及其基因的分離
引言
鑒定DNA結合蛋白的概念和策略
數(shù)據(jù)庫檢測法
粗制細胞裂解物的蛋白質-DNA相互作喲內分析方法的建立
克隆編碼DNA結合蛋白基因的概念和策略
通過蛋白質純化法和肽序列分析法進行克隆
通過不需要進行蛋白質-DNA相互作用分析的方法進行克隆
9確證蛋白質-DNA相互作用的功能相關性
引言
概念和策略
體外蛋白質-DNA復合題的豐度
DNA結合蛋白和靶基因的相對表達模式
蛋白質結合所需核苷酸和調控元件火星所需核苷酸的相關性
DNA結合蛋白的過量表達對報道基因或內源基因的反式激活
與相鄰調控區(qū)相結合的蛋白質間協(xié)同結合和協(xié)同效應
基因組足跡模式和提外阻擊模式的比較
蛋白質-DNA相互作用的相對親和力
基因剔除或反義實驗
顯性失活突變體
體外轉錄方法
體內蛋白質-DNA交聯(lián)
改變特異性的實驗
10內源調控區(qū)的體內分析
引言
概念和策略
序列特異性蛋白質-DNA相互作用的體內分析
核小體的定位和重建
DNA甲基化
基因的亞核定位
技術
11合成重組轉錄因子的方法
引言
概念和策略
原核表達體系
克服E.COLI中表達問題的策略
合成大的調控蛋白
合成小量的粗制蛋白質
大分子符合體的合成與純化
適當表達體系的選擇
12鑒定和分析轉錄因子結構域
引言
概念和策略：定義結構域
誘變的基本原理
基因激活因子的機構域
分離激活因子的DNA結合機構域和激活結構域
DNA識別亞結構域和寡聚化亞結構域的劃分
概念和策略：蛋白質-蛋白質相互作用
激活結構域和共激活因子及通用因子的相互作用
親和層喜
改變特異性的遺傳體系
基本轉錄機構的結構-功能分析
技術
13調節(jié)性轉錄因子結合DNA的理論.特征和模型
引言
概念和策略
DNA-蛋白質相互作用的基本理論和實例
DNA-蛋白質相互作用的分析和模型
啟動子特異性多組分核蛋白復合體的分析
技術
14用于體起轉錄分析的粗制系統(tǒng)和分級分離系統(tǒng)
引言
概念和策略
抽提物的制備
轉錄分析
分級分離系統(tǒng)
技術
核抽提物和全細胞抽提物的制備
體外轉錄分析
轉錄因子的純化
15研究轉錄復合體組裝的方法
引言
概念和策略
基本前起始復合體的形成
開放復合體的形成.起始和啟動子撤離
活化的復合體在啟動子的組裝
技術
附錄
附錄1注意事項
附錄2供應商
附錄3商標