生物信息學方法與實踐

總序
序
前言
第1章生物信息學基礎
1.1計算機網絡及計算.機)環(huán)境簡介
1.1.lWEB中的部分生物信息學資源簡介
1.1.2WEB中的重要搜索工具
1.1.3WEB中的部分生物信息學相關新聞組資源參考
1.1.4使用基于網絡的工具
1.1.5電子郵件.e-mail)服務
1.1.6匿名FTP服務-獲得軟件的重要途徑
1.1.7網絡規(guī)則-索取與奉獻
1.1.8從事生物信息學研究應掌握的計算機語言
1.2生物信息學數據庫及其分析
1.2.1基本數據庫
1.2.1.lDNA數據庫
1.2.1.2基因組數據庫
1.2.1.3蛋白質序列數據庫
1.2.1.4蛋白質結構數據庫
1.2.2常用數據庫
1.3基本序列數據庫注釋及序列格式
1.3.1基本序列數據庫注釋
1.3.2序列格式
1.4信息檢索系統
1.4.]SRS序列檢索系統
1.4.2Entrez信息檢索系統
1.4.3DBGET/LinkDB檢索工具
1.5序列對齊分析
1.5.1記分矩陣
1.5.2空位罰分.
1.5.3兩兩對齊分析
1.5.4多重序列對齊分析
1.5.5序列對庫的對齊檢索分析
1.5.5.1BLAST檢索服務
1.5.5.2FASTA檢索服務
1.5.5.3Bl1tZ蛋白質序列對庫檢索服務
1.5.6同源性有效的意義判據
第2章核酸序列分析
2.1核酸序列的檢索
2.2核酸序列的基本分析
2.2.l分子質量、堿基組成、堿基分布
2.2.2序列變換
2.2.3限制性酶切分析
2.2.4克隆測序分析
2.2.4.1測序峰圖查看
2.2.4.2核酸測序中載體序列的識別與去除
2.2.4.3其他人工序列的分析與去除
2.3核酸序列的電子延伸
利用Un1Gene數據庫進行電子延伸
2.4基因的電子表達譜分析
2.4.1利用UniGene數據庫進行電子表達譜分析
2.4.2利用Tigem的電子原位雜交服務器進行電子表達譜分析
2.5核酸序列的電子基因定位分析
2.5.1利用STS數據庫進行電子基因定位
2.5.2利用UniGene數據庫進行電子基因定位
2.5.3直接利用基因組序列進行電子基因定位
2.6CDNA對應的基因組序列分析
2.6.1通過從NCBI查詢全部基因組數據庫進行基因組序列的分析
2.6.2通過從Sanger中心查詢基因組數據庫進行基因組序列的分
2.7基于核酸序列對齊分析的功能預測
2.7.1基于NCBI/Blast軟件的核酸序列同源性分析
2.7.2兩條核酸序列之間的同源性分析
2.7.3核酸序列之間的多重比對分析及進化分析
2.8可讀框架分析
2.8.lCDNA序列的可讀框架分析
2.8.2基因組序列中的編碼區(qū)/內含子結構分析
2.8.2.1斷裂的真核基因
2.8.2.2真核基因外顯子內含子連接區(qū)
2.8.2.3基因組序列的內含子/外顯子分析
2.8.2.4CDNA序列與基因組序列的對齊及其顯示
2.9基因啟動子及其他DNA調控位點分析
2.10重復序列分析
2.10.lRepBaSe
2.10.2利用RepeatMaSker程序分析重復序列
2.1l引物設計
2.12向數據庫中提交核酸序列
2.12.1EST序列的注冊
2.12.2較長或全長CDNA序列的注冊
2.13從IMAGE協作組索取相關克隆
第3章蛋白質序列分析實踐
3.1蛋白質序列檢索
3.1.l基于網絡的序列檢索
3.1.1.l從NCBI檢索蛋白質序列
3.1.l.2利用SRS系統從EMBL檢索蛋白質序列
3.1.2通過e-ma11進行序列檢索
3.2蛋白質基本性質分析
3.2.1疏水性分析
3.2.2跨膜區(qū)分析
3.2.3前導肽和蛋白質定位
3.2.4卷曲螺旋分析
3.3蛋白質功能預測
3.3.1基于序列同源性分析的蛋白質功能預測
3.3.1.1基于NCBI/BLast軟件的蛋白質序列同源性分析
3.3.1.2基于WU/BlaSt2軟件的蛋白質序列同源性分析
3.3.1.3基于FASTA軟件的蛋白質序列同源性分析
3.3.2基于m0t1L結構位點、結構功能域數據庫的蛋白質功能白
3.3.2.1mOtlf數據庫PROSITE
3.3.2.2PFOR1e數據庫
3.3.2.3蛋白質序列的輪廓.Profi1e)分析
3.3.2.4HITS蛋白質結構域數據庫
3.3.2.5InbrPrOSCan綜合分析網站
3.3.2.6蛋白質的結構功能域分析
3.4蛋白質結構預測
3.4.l蛋白質結構資源
3.4.l.1PDB數據庫
3.4.1.2NRL-3D數據庫
3.4.1.3ISSD數據庫
3.4.1.4HSSP數據庫
3.4.1.5蛋白質結構分類數據庫.SCOP)
3.4.1.6MMDB蛋白質分子模型數據庫
3.4.1.7Dali/FSSP數據庫
3.4.2蛋白質二級結構預測
3.4.3蛋白質三級結構預測
3.4.3.1與已知結構的序列比較
3.4.3.2同源模建
3.4.3.3穿針引線.threading)算法和折疊識別
3.5蛋白質分子進化分析
3.5.l蛋白質分類數據庫.ProtoMap)
3.5.2蛋白質序列多重對齊分析及進化分析
第4章常用的生物信息學資源簡介及其綜臺利用
4.1計算機服務/開發(fā)環(huán)境的構建
4.1.1程序開發(fā)語言
4.1.1.1C語言
4.1.1.2Perl語言
4.1.1.3pHp語言
4.l.2數據庫工具
4.1.2.1MySQL數據庫工具
4.1.2.2ACeDB數據庫及管理工具
4.1.3網絡服務器
4.1.3.1L1nux下的Apache網絡服務器
4.1.3.2WmdOwS下的ApaChe網絡服務器
4.1.4操作系統
4.1.4.1L1nux操作系統
4.1.4.2常用的L1nux命令
4.1.4.3Linux與W1ndowsNT/2000相比的幾個技術優(yōu)勢
4.1.4.4Linux與Windows系統的集成
4.2Windows下的軟件資源推薦
4.2.1軟件的下載與安裝
4.2.2文件管理軟件-Windows commander
4.2.3文件下載-Net Vampire軟件
4.2.4文件傳輸協議FTP命令
4.2.5建立FTP服務器-FTP SeV-U軟件
4.2.6創(chuàng)建網站相關軟件-Webzip軟件
4.2.7圖形處理軟件-HyperSnap.
4.2.8遠程登錄/遠程管理
4.2.8.1Telnet服務程序
4.2.8.2NetTerm遠程登錄軟件
4.2.9壓縮與解壓縮工具
4.2.9.1壓縮軟件-Winzip.
4.2.9.2壓縮軟件-WinRAR
4.2.10超大文本編輯軟件-UlbaEdit
4.2.1l程序集成開發(fā)環(huán)境-VisualBASlC
4.2.12網絡瀏覽器-FastBrowser.
4.3生物信息學軟件資源
4.3.1Windows環(huán)境下的生物信息學資源
4.3.1.1序列分析軟件-DNAMAN
4.3.1.2綜合序列分析軟件-BioEdit
4.3.1.3VectorNTI
4.3.1.4引物設計軟-oligo
4.3.1.5核酸序列分析軟件-GeneTool
4.3.1.6蛋白質序列分析軟件-PepTool
4.3.1.7序列分析軟件-Lasergene99
4.3.1.8蛋白質三維分子結構顯示軟件-RasMol
4.3.1.9序列分析與管理軟件-Omiga
4.3.1.l0序列多重對齊軟件-ClustalW
4.3.2Linux環(huán)境下的生物信息學資源.
4.3.3Macintosh環(huán)境下的核酸和蛋白質序列分析
4.3.3.lMacOS的部分工具
4.3.3.2MacOs下的生物信息學分析資源
4.3.4綜合生物信息學資源-生物軟件網
4.4資源的綜合利用:自建核酸和蛋白質序列分析平臺
4.4.lWindows下Blast軟件的本地化實現及其使用
4.4.1.1下載軟件
4.4.1.2軟件解壓縮
4.4.1.3進行系統配置
4.4.1.4Blast軟件的使用
4.4.1.5VisualBASIC程序接口設計及使用示例
4.4.2Linux系統下命令行方式Blast軟件的安裝與使用.
4.4.3含有Web界面的Blast系統的安裝與使用
4.4.3.lLinux操作系統安裝及局域網組建
4.4.3.2WEB界面Blast軟件的安裝
4.4.3.3檢索用數據庫的準備
4.4.3.4Blast軟件的配置
4.4.3.5Blast分析環(huán)境的使用
4.4.4基于PC/Linux的核酸序列電子延伸系統.AutoCTG)的構建及其應用
4.4.4.1電子序列延伸的生物信息學策略
4.4.4.2程序設計
4.4.4.3系統需求
4.4.4.4體系性能的綜合評價
4.4.4.5數據庫預處理
4.4.4.6程序設計及用法
4.4.4.7人胎肝來源部分EST序列和較長cDNA序列的電子延伸分析
4.4.5基于PCTinux的核酸序列分析系統的構建及其應用
4.4.5.1本地化核酸序列大規(guī)模自動分析系統的構建
4.4.5.2本地化核酸序列大規(guī)模分析體系的使用
4.5實例分析:人ADP-核糖基化因子GTP酶活化蛋白基因的生物信息學分析
4.5.lcDNA序列分析
4.5.1.1EST序列的獲得
4.5.1.2利用Blast軟件進行序列相似性檢索
4.5.1.3確定轉錄物大小
4.5.1.4全長cDNA序列的獲得
4.5.1.5可讀框架分析
4.5.1.6基因名稱確定
4.5.2蛋白質序列分析
4.5.2.1基本性質分析
4.5.2.2功能位點分析
4.5.2.3結構功能域的確定
4.5.2.4序列多重對齊分析
4.5.3基因組結構分析
4.5.3.1染色體定位分析
4.5.3.2基因組結構確定
4.5.4小結
附錄
常用詞匯與縮略語表
參考文獻