蛋白質組學：從序列到功能

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前言
縮略語
概述
第一章基因組學與蛋白質組學
1引言
2cDNA表達文庫的制取.機器化陣列.PCR膜構建.寡核百酸指紋非冗余套的制備.DNA芯片上的復雜雜交
2.lDNA文庫的構建
2.2大規(guī)模熱循環(huán)和高密度陣列的構建
2.3實驗室自動化和高密度陣列的新進展
2.4文庫歸一化和用寡核苷酸指紋產(chǎn)生Unigme套
2.5通過在DNA微陣列上的復雜雜交獲得不同的差異表達譜
2.6自動化圖像分析
3蛋白陣列.cDNA表達庫制備自動化技術在蛋白陣列和芯片制備中的應用及蛋白芯片在蛋白質組學中的應用
3.lUniprotein套和蛋白陣列的產(chǎn)生與應用
4通過高分辨二維電泳(2DE)鑒定特定細胞類型或組織在特定時間的蛋白組成
4.1蛋白質組學與基因組學
4.2二維聚丙烯酰胺凝膠電泳(2DE)
4.3聯(lián)合的萬DE數(shù)據(jù)庫
4.42DE分析自動化
5用質譜連接當前蛋白質組學和基因組學的方法
6前景和發(fā)展
6.1基因組學
6.2蛋白組學
6.3尚需發(fā)展之處
7總結
參考文獻
第二章基因表達的檢測方法
1緒論
2DNA陣列雜交
2.lcDNA陣列
2.2寡核苷酸陣列
3不基于DNA陣列的mRNA定量方法
3.1基于序列測定的方法學
3.2差異顯示PCR(DDPCR)
4結論
參考文獻
第三章蛋白質組分析中的二維聚丙烯酰胺凝膠電泳
l引言
2二維聚丙烯酰胺凝膠電泳發(fā)展史
3固相pH梯度(immobilizedpHgradientIPG)二維電泳
4樣品制備
4.1可溶性樣品
4.2組織樣品
4.3細胞
4.4樣品分級
5溶解
6還原
7一維固相pH梯度等電聚焦(IEFwithIPG)
7.1IPG凝膠制備
7.2IPG膠條重泡脹
7.3加樣和運行
7.4IPGIEFpH梯度的選擇
7.5聚焦時間的優(yōu)化
8兩維間平衡
9二維SDSPAGE
10分辨率
11重復性
12展望
參考文獻
第四章聚丙烯酰胺凝膠和轉印膜上蛋白質的檢測
1引言
2有機染料和銀染
2.1有機染料
2.2銀染
3負染
3.1金屬鹽染料
3.2鋅咪挫染料
4膠體擴散染料
4.1印度墨水染料
4.2膠體金屬染料
5有機熒光團染料
5.1共價結合熒光團
5.2非共價結合熒光團
6金屬螯合染料
6.1比色金屬螯合染料
6.2發(fā)光金屬螯合染料
7結論
參考文獻
第五章蛋白質鑒定和磷酸化位點分析的質譜方法
1引言
1.1蛋白質鑒定途徑
2質譜基礎知識
2.lMALDlMS
2.2ESIMS
3以質譜為基礎的相關鑒定策略
3.l膚質量檢索(Peptidema$searching)
3.2未解析碎片離子的檢索
4用質譜數(shù)據(jù)對肽段從頭測序(denovosequencing)
5磷酸化位點分析的各種方法
5.1磷酸化分析的原理
5.2磷酸化分析策略
5.3磷蛋白的檢測和分離
5.4磷酸肽的分離
5.5確定磷酸化氨基酸類型
5.6磷酸化位點的確定
5.7酶分析法及磷蛋白分析的未來方向
6目前及將來面臨的機遇和挑戰(zhàn)
參考文獻
第六章二維凝膠電泳的圖像分析
1介紹
2數(shù)據(jù)獲取
2.1獲取圖像設備
3數(shù)字化圖像加工
4蛋白質斑點檢測和定量
5凝膠配比
6數(shù)據(jù)分析
7數(shù)據(jù)呈遞
8數(shù)據(jù)庫
8.12DE數(shù)據(jù)庫的構建
8.2比較網(wǎng)上分布的2DE數(shù)據(jù)庫
9結論
參考文獻
第七章增強高通量蛋白質組分析:穩(wěn)定同位素標記的影響
1前言
2樣品制備
3二維凝膠分離和分析
3.l自動化二維聚丙烯酰胺凝膠電泳(2DEPAGE)
3.2蛋白質的掃描檢測和定量
3.3通過穩(wěn)定同位素標記定量2DE凝膠中的蛋白質
3.42DE凝膠蛋白點的分離
3.5蛋白質酶解/碎裂
4質譜:使用質譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質
4.1質量指紋肽譜
4.2小序列標簽多肽紋譜
5質譜:使用串聯(lián)質譜數(shù)據(jù)鑒別蛋白質
5.1串聯(lián)質譜數(shù)據(jù)采集
5.2串聯(lián)質譜數(shù)據(jù)庫檢索
5.3自動化串聯(lián)質譜解釋和數(shù)據(jù)庫檢索
5.4數(shù)據(jù)解釋工具
參考文獻
第八章蛋白質組學的自動化:高通員蛋白分析的技術和信息學途徑
1歷史回顧
1.1蛋白化學家面臨的困難
1.2蛋白質組學的發(fā)展史
2蛋白質組學的自動化技術解決途徑
2.12DE膠的自動化
2.22DE膠的全自動
2.32DE自動化
3蛋白質組學的信息解決途徑
3.1蛋白質組數(shù)據(jù)庫
3.2蛋白質組學工具
3.3生物信息學展望
4結語
參考文獻
第九章瓶頸:自動化蛋白質組分析的完整途徑
1引言
2二維電泳結合質譜:蛋白質組的典型范例?
3自動化概念
4二維凝膠電泳的顯色
4.1二維凝膠
4.2富集和分部收集技術
4.3顯像技術
4.4自動染色
5圖像分析
6自動化機器人
6.1斑點切取
6.2斑點酶切和膚提取
6.3肽脫鹽.純化在MALDI靶上點樣
7質譜的接口策略
8機器人模塊圖像分析軟件和信息數(shù)據(jù)庫之間的鏈接
9結論
參考文獻
第十章蛋白質表達分析新方法
1引言
2功能蛋白質組研究范圍
3蛋白質組分析:基于2DE的戰(zhàn)略
4除二維凝膠電泳以外的蛋白質表達分析方法
4.1依賴于分離的方法
4.2不依賴分離的方法:蛋白質芯片
5結語
參考文獻
第十一章蛋白質組分析在藥物開發(fā)和毒理學中的應用
1引言
2數(shù)據(jù)的使用
2.1比較分析
2.2生物標志物蛋白質的檢測
2.3詳細的基因表達調(diào)控分析
2.4蛋白質功能預測
3結論與展望
參考文獻
第十二章噬菌體抗體作為蛋白質組學研究工具
1蛋白質組學方法
1.1來源于EST數(shù)據(jù)庫的蛋白質數(shù)據(jù)
1.2抗體是蛋白質特異分子探針的合理選擇
1.3關鍵技術概觀
2噬菌體抗體庫的構建和應用
2.1抗體片段在噬菌體上的展示
2.2抗體庫的構建
2.3庫的大小和多樣性
2.4從噬菌體抗體庫中篩選特異抗體
2.5高通量的篩選
2.6作為試劑的噬菌體抗體
2.7來源于噬菌體庫中的可溶性抗體
2.8以IgG的形式表達
3噬菌體抗體在功能基因組研究中的應用
3.1ProAbTM方法
3.2采用生物信息學方法了解EST的意義
3.3合成抗原
3.4高通量篩選識別肽抗原的噬菌體抗體
3.5高通量的ICC工分析
3.6生物信息學
3.7PrQAbTM計劃的應用實例
4噬菌體抗體在蛋白質組學中的應用
4.1常規(guī)的選擇抗膜蛋白的噬菌體抗體
4.2提高膜蛋白篩選的導向選擇
4.3ProxiMolTM方法及應用
4.4ProxiMo」TM方法在蛋白質組學研究中的應用
參考文獻
第十三章糖生物學與蛋白質組學
1引言
2什么是糖蛋白?
2.lN糖鏈結構
2.2o連接結構
2.3糖基磷脂酚肌醇(GPI)固定結構
3為什么蛋白質組學對糖蛋白感興趣?
3.1糖蛋白與受精
3.2糖蛋白與疾病
4蛋白質組中的糖分析
4.1重組糖蛋白分析
4.2經(jīng)分離的膠上糖蛋白
5結論
參考文獻.
第十四章學術環(huán)境中的蛋白質組學
1引言
2為什么不在學術環(huán)境中進行蛋白質組研究?
3為什么要在學術環(huán)境中進行蛋白質組研究?
3.1大學能否承擔得起蛋白質組的研究經(jīng)費?
3.2如果沒有學術機構企業(yè)能承擔蛋白質組學研究嗎?
3.3目前蛋白質組學的研究尚不健全嗎?某些人看到局限性
3.4學術機構的蛋白質組學研究對企業(yè)是有益的
4大學的蛋白質組學研究提供許多優(yōu)勢
4.1大學能對企業(yè)的資源進行迅速而靈活的反應且價格合理
4.2大學愿意與臨床樣本接近
4.3大學不僅研究醫(yī)學應用
4.4大學的基礎研究將被公眾接近
4.5大學培養(yǎng)學生
5大學的讓產(chǎn)易股(spinoff)公司
6結論
參考文獻
第十五章作為植物遺傳和育種工具的蛋白質組學
1引言
2遺傳多樣性分析
2.1種內(nèi)和種間的遺傳差異
2.2品種.品系和栽培品種的區(qū)別
3基因組的表達
3.1突變特征
3.2器官和發(fā)育階段的變異性
3.3非生物脅迫反應蛋白的鑒定與分析
4遺傳作圖和候選蛋白
4.1蛋白標記的遺傳作圖
4.2蛋白數(shù)量位點(PQL)和候選蛋白
5方法學進展和植物蛋白數(shù)據(jù)庫
6總結.前景展望
參考文獻