生物信息學(xué)：基礎(chǔ)與臨床醫(yī)學(xué)應(yīng)用指南

上篇 生物信息學(xué)基礎(chǔ)
第一章 生物信息學(xué)概述
1.1 生物信息學(xué)的定義和研究范疇
1.1.1 生物信息學(xué)的定義
1.1.2 生物信息學(xué)中的數(shù)據(jù)庫與網(wǎng)絡(luò)
1.1.3 生物信息學(xué)的主要研究范疇
1.2 生物信息學(xué)的建立與發(fā)展
1.3 醫(yī)學(xué)生物信息學(xué)的發(fā)展與展望
1.3.1 醫(yī)學(xué)生物信息學(xué)的主要研究內(nèi)容
1.3.2 生物信息學(xué)的發(fā)展和展望
第二章 醫(yī)學(xué)生物信息數(shù)據(jù)庫
2.1 醫(yī)學(xué)生物信息數(shù)據(jù)庫簡介
2.2 國外常用醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫
2.2.1 PubMed文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫
2.2.2 HighWire Press電子期刊數(shù)據(jù)庫
2.3 國內(nèi)常用生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索數(shù)據(jù)庫
2.3.1 萬方數(shù)據(jù)資源系統(tǒng)
2.3.2 中國期刊網(wǎng)
第三章 核酸數(shù)據(jù)庫的應(yīng)用
3.1 常用的DNA數(shù)據(jù)庫及軟件
3.1.1 GenBank--NCBI核酸序列數(shù)據(jù)庫
3.1.2 EMBL--歐洲核酸序列數(shù)據(jù)庫
3.1.3 DDBJ--日本DNA數(shù)據(jù)庫
3.2 常用的RNA數(shù)據(jù)庫及軟件
3.2.1 Transterm--mRNA序列和翻譯調(diào)控元件數(shù)據(jù)庫
3.2.2 RDP-II--核糖體數(shù)據(jù)庫
3.2.3 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
3.3 核酸同源性序列比對(duì)的策略和方法
3.3.1 數(shù)據(jù)庫中的相似性搜索
3.3.2 BLAST簡介
3.3.3 BLAST應(yīng)用舉例
3.4 新序列的提交
第四章 人類基因組變異數(shù)據(jù)庫
4.1 SNP數(shù)據(jù)庫
4.1.1 dbSNP數(shù)據(jù)庫
4.1.2 人類基因組變異數(shù)據(jù)庫
4.2 突變數(shù)據(jù)庫
4.3 基因標(biāo)記物與微衛(wèi)星數(shù)據(jù)庫
4.4 觀察SNP和突變的工具
4.4.1 在基因組水平上觀察SNP和突變的工具
4.4.2 在基因水平上觀察SNP和突變的工具
第五章 蛋白質(zhì)資源數(shù)據(jù)庫
5.1 SWISS-PORT蛋白序列數(shù)據(jù)庫
5.1.1 SWISS-PORT蛋白序列數(shù)據(jù)庫區(qū)別于其他蛋白序列數(shù)據(jù)庫的優(yōu)點(diǎn)
5.1.2 SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)與級(jí)別
5.1.3 序列條目的結(jié)構(gòu)
5.1.4 不同的行類型
5.1.5 數(shù)據(jù)庫的檢索
5.2 ASTRAL--蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和序列分析體系
第六章 生物芯片
6.1 概述
6.1.1 生物芯片簡介
6.1.2 生物芯片分類
6.1.3 幾種常見的生物芯片
6.2 基因芯片基本原理和基本流程
6.2.1 基因芯片的基本原理
6.2.2 基因芯片的基本流程
6.3 幾種新型的芯片技術(shù)
6.4 生物芯片的應(yīng)用
6.5 生物信息學(xué)中的新技術(shù)
附 基因芯片進(jìn)行基因差異表達(dá)實(shí)際操作舉例
第七章 疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫
7.1 綜合臨床數(shù)據(jù)庫
7.2 腫瘤相關(guān)數(shù)據(jù)庫
7.2.1 Cancer.gov--腫瘤網(wǎng)
7.2.2 Oncolink
7.2.3 癌癥基因組剖析計(jì)劃(CGAP)
7.2.4 中國癌癥網(wǎng)
7.3 心血管疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫
7.3.1 心血管疾病相關(guān)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(Cardio)
7.3.2 中華心血管醫(yī)學(xué)網(wǎng)
7.4 遺傳性疾病數(shù)據(jù)庫
7.5 感染性疾病數(shù)據(jù)庫
第八章 生物信息學(xué)與藥物設(shè)計(jì)
8.1 概述
8.2 生物信息學(xué)在藥物設(shè)計(jì)中的優(yōu)勢(shì)
8.3 生物信息學(xué)在藥物設(shè)計(jì)環(huán)節(jié)中的應(yīng)用
8.3.1 初始階段：事半功倍的效果
8.3.2 生物活性篩選階段：提高篩選命中率
8.3.3 藥物開發(fā)階段：聯(lián)系遺傳信息與藥物療效的橋梁
8.4 藥物設(shè)計(jì)過程中生物信息學(xué)應(yīng)用流程
8.4.1 綜合分子生物學(xué)方法
8.4.2 EST數(shù)據(jù)庫搜尋
8.4.3 結(jié)構(gòu)生物學(xué)方法
8.5 生物信息學(xué)在藥物設(shè)計(jì)中的其他應(yīng)用
8.5.1 藥物作用的機(jī)制
8.5.2 藥物的藥代動(dòng)力學(xué)及毒理性質(zhì)的研究
8.5.3 計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)
8.6 后基因組時(shí)代藥物研究的新進(jìn)展和新趨勢(shì)
附 藥物設(shè)計(jì)實(shí)例
第九章 常用軟件介紹
9.1 Omiga介紹
9.2 Antheprot介紹
9.3 MACAW介紹
9.4 Primer Premier介紹
9.5 Reference Manager介紹
9.6 常用限制酶分析與質(zhì)粒作圖軟件
9.6.1 Gene Construction Kit 2.5
9.6.2 Clone Manager 7
9.7 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及分析軟件
9.7.1 RNAdraw 1.1b
9.7.2 RNA Structure 3.2
9.8 序列綜合分析軟件
第十章 基因芯片微陣列數(shù)據(jù)分析
10.1 常用基因芯片及其數(shù)據(jù)簡介
10.2 基因芯片數(shù)據(jù)處理與分析
10.3 基因芯片數(shù)據(jù)分析的基本策略與方法
10.4 基因微陣列數(shù)據(jù)分析中的常用軟件
10.4.1 Excel
10.4.2 SAM
10.4.3 R及其在基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用
下篇 生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)互動(dòng)平臺(tái)
第十一章 生物信息學(xué)與基因組學(xué)技術(shù)
11.1 新基因分析的生物信息學(xué)策略
11.2 新基因的分離——cDNA末端快速擴(kuò)增技術(shù)
11.3 基因突變檢測(cè)（分析）技術(shù)
11.4 mRNA差異顯示技術(shù)
11.5 比較基因組雜交技術(shù)
11.6 微陣列-比較基因組雜交技術(shù)
11.7 基因表達(dá)分析技術(shù)
11.8 SNPs、ESTs在研究新（未知）基因中的應(yīng)用
第十二章 RNA組學(xué)及常用研究技術(shù)
12.1 反義核酸技術(shù)
12.2 核酶技術(shù)
12.3 RNA錯(cuò)折疊技術(shù)
12.4 RNA干擾技術(shù)
第十三章 模式生物體研究
13.1 轉(zhuǎn)基因動(dòng)物
13.1.1 轉(zhuǎn)基因動(dòng)物概念
13.1.2 基本原理
13.1.3 嵌合體動(dòng)物
13.1.4 轉(zhuǎn)基因動(dòng)物模型在醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用
13.2 基因打靶技術(shù)
13.2.1 基因打靶技術(shù)的原理
13.2.2 基因打靶的操作要點(diǎn)
13.2.3 提高基因打靶效率的途徑
13.2.4 基因打靶技術(shù)的應(yīng)用
13.3 時(shí)空可調(diào)節(jié)性基因打靶技術(shù)與基因陷阱
13.3.1 時(shí)空可調(diào)節(jié)性基因打靶
13.3.2 基因陷阱
13.3.3 誘變技術(shù)在功能基因組學(xué)中的應(yīng)用
第十四章 蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)
14.1 蛋白質(zhì)組分離技術(shù)
14.1.1 二維聚丙烯酰胺凝膠電泳
14.1.2 高效液相色譜(HPLC)
14.1.3 毛細(xì)管電泳及電色譜(CE／CEC)
14.2 鑒定技術(shù)
14.2.1 質(zhì)譜技術(shù)
14.2.2 圖像分析技術(shù)
14..2.3 高流通量篩選(HTS)
14.3 蛋白質(zhì)芯片技術(shù)
14.4 酵母雙雜交系統(tǒng)
附錄 生物信息學(xué)及分子生物學(xué)術(shù)語