內蒙古大學蒙古史研究主要由以下二個研究領域構成，其中有些領域的研究已經居于世界領先水平：第一，古代蒙古史及其文獻研究。本研究領域人員主要從事蒙古帝國史、元史、15至18世紀蒙古史、蒙古歷史地理以及有關蒙占的文書檔案史料研究和文獻史料整理研究。本領域成員著力于研究蒙元時期的政治制度、部族、部落和封建領地；15至17世紀東、西蒙古政局與部落，16至17世紀喀爾喀史，17世紀漠南蒙古諸部史；清代蒙古史；內蒙古歷史地理；17世紀蒙古文書和滿文檔冊、明末兵部漢文檔案、清代內閣蒙古堂檔和他滿漢蒙藏文各類檔案。已使本領域在15至18世紀蒙古史研究處于世界領先水平。目前，該研究領域人員在喀爾喀史、蒙古六萬戶的變遷、漠南蒙古諸部史、蒙藏關系史等領域里取得了重大進展。第二，內蒙古近現代史研究。本領域主要研究近代（1840年至1949年）和現當代（1949年至今）內蒙古地區(qū)以蒙古族為主的各民族歷史。研究內容主要涵蓋近代內蒙古政治變遷史、蒙古民族運動史、人民革命斗爭史、內蒙古各行各業(yè)開發(fā)與社會經濟發(fā)展史、外國侵略史、內蒙古自治區(qū)政治體制和方針政策演變（即民主改革、社會主義革命和新時期改革開放）、內蒙古經濟文化各方面建設與成就以及蒙古族和其他少數民族的發(fā)展繁榮等。第三，北方民族史與民族關系史研究。該研究領域包括秦漢至元代的中國古代北方民族史和民族關系史，元、明、清時期的蒙、漢、回、滿、藏各民族關系史。本學科前輩學者在匈奴史、東胡史、突厥史以及蒙古族族源等領域取得了豐碩成果，有《匈奴通史》（林干）、《東胡史》（林干）、《原蒙古人的歷史——宅韋-韃靼研究》（張久和）、《和碩特蒙古史綱要》（烏云畢力格）等頗具影響和學術價值的專著和“中國北方民族與蒙古族族源”（亦鄰真）、“關于內蒙古歷史的若干問題，（亦鄰真）等具有很高理論水平的學術論文。近年來，發(fā)表了有關滿蒙、明蒙關系的論著多篇，主持了題為《蒙古史史料與滿蒙關系研究》（齊木德道爾吉）和《17—18世紀西藏、衛(wèi)拉特與清朝關系研究》（烏云畢力格）等專門研究民族關系的科研項目，發(fā)表了有關17世紀滿蒙、蒙藏關系的具有重要影響的一系列學術論文。在明代蒙漢關系研究方面，王雄等人取得了顯著的成果。
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