《本草綱目》還繼承了《新修本草》首創(chuàng)描繪藥圖的成功經驗。繪藥圖1109幅，加強描繪藥物特征的準確性，為后人認藥、采藥、鑒藥提供了方便。除歷代本草著作外，更重視從醫(yī)籍方書中搜集資料擴充本草。上自《靈》、《素》，下迄宋金元明諸家，凡與本草有關者皆在征引之列。《本草綱目》引用醫(yī)籍達361家，藥后的附方，則幾乎綜列了所有醫(yī)籍方書的經驗良方。因此，《本草綱目》不僅是集本草之大成，也是醫(yī)方之全書。這種以藥帶方，以方附藥的方式，既證實了藥物功效，又加深了對藥物的認識，集中了臨床經驗，大大提高了本草的實用價值。另外，經史百家中的有關醫(yī)藥史料，也是考證源流、訂正名實、辨析疑義乃至采拾驗方的重要內容。除本草、醫(yī)方、經史百家文獻之外，實踐經驗是李時珍擴充本草的一條尤其重要的途徑。他自己采集標本，品嘗藥味，栽種藥物、煉制藥品、解剖動物，并"遍詢土俗，遠窮僻壤"，從見聞以至民諺俗語中吸取民間用藥的實際經驗。
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