有機(jī)配體靶向端粒DNA G-四鏈體的分子模擬

第1章 緒論\t1
1．1 DNA G-四鏈體簡(jiǎn)介\t1
1．1．1 小分子配體靶向DNA G-四鏈體的抗腫瘤作用機(jī)制\t3
1．1．2 DNA G-四鏈體末端堆積配體\t3
1．1．3 DNA G-四鏈體溝槽結(jié)合配體\t5
1．2 藥物配體與生物大分子的相互作用及選擇性\t5
1．2．1 藥物配體與生物大分子的相互作用\t5
1．2．2 藥物配體與生物大分子的選擇性\t6
1．3 生物大分子計(jì)算機(jī)模擬方法\t7
1．3．1 生物大分子的構(gòu)建―― 同源模建方法及應(yīng)用\t7
1．3．2 分子對(duì)接方法及應(yīng)用\t10
1．3．3 分子力學(xué)和分子動(dòng)力學(xué)原理與應(yīng)用\t14
參考文獻(xiàn)\t21
第2章 配體與平行型DNA G-四鏈體溝槽相互作用的理論研究\t32
2．1 引言\t32
2．2 Dist-A二聚體與[d(TGGGGT)]4序列 G-四鏈體的動(dòng)力學(xué)模擬\t33
2．3 Dist-A二聚體與 [d(GGGGGG)]4序列 G-四鏈體復(fù)合物的動(dòng)力學(xué)模擬\t35
2．4 三層連續(xù)G-四集體鳥嘌呤堿基的電子性質(zhì)\t37
2．5 基于平行型DNA G-四鏈體溝槽的藥物設(shè)計(jì)\t39
參考文獻(xiàn)\t39
第3章 Dist-A及其衍生物與反平行型DNA G-四鏈體相互
作用的分子動(dòng)力學(xué)研究\t41
3．1 引言\t41
3．2 Dist-A及其衍生物B與反平行型端粒DNA G-四鏈體的
分子對(duì)接\t42
3．3 Dist-A及其衍生物B與反平行型端粒DNA G-四鏈體的
動(dòng)力學(xué)模擬\t44
3．3．1 動(dòng)力學(xué)模擬體系\t44
3．3．2 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四鏈體
寬溝槽方向上的動(dòng)力學(xué)行為\t44
3．3．3 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四鏈體
中溝槽方向上的動(dòng)力學(xué)行為\t46
3．3．4 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四鏈體
窄溝槽方向上的動(dòng)力學(xué)行為\t49
3．3．5 配體在不同位點(diǎn)的結(jié)合對(duì)溝槽寬度的影響\t51
3．3．6 MM_GBSA能量分析\t53
參考文獻(xiàn)\t54
第4章 類固醇衍生物選擇性識(shí)別端粒DNA G-四鏈體/
B-DNA的分子動(dòng)力學(xué)研究\t56
4．1 引言\t56
4．2 類固醇衍生物與雜化型端粒DNA G-四鏈體的
分子對(duì)接\t57
4．3 Steroid FG與雜化型端粒DNA G-四鏈體復(fù)合物
動(dòng)力學(xué)模擬\t58
4．4 Steroid FG與B-DNA復(fù)合物動(dòng)力學(xué)模擬\t59
4．5 MM_PBSA能量計(jì)算\t61
4．6 基于雜化型端粒DNA G-四鏈體溝槽的藥物設(shè)計(jì)\t63
參考文獻(xiàn)\t63
第5章 浙貝堿與端粒DNA G-四鏈體的分子動(dòng)力學(xué)研究\t65
5．1 引言\t65
5．2 浙貝堿與端粒DNA G-四鏈體的分子對(duì)接\t65
5．2．1 配體的選擇\t65
5．2．2 端粒DNA G-四鏈體的選擇\t66
5．2．3 分子對(duì)接\t66
5．3 浙貝堿與端粒DNA G-四鏈體的分子動(dòng)力學(xué)模擬\t70
5．3．1 復(fù)合物動(dòng)力學(xué)模擬體系及模擬時(shí)間\t70
5．3．2 浙貝堿/1NP9（1∶1）復(fù)合物的動(dòng)力學(xué)模擬\t71
5．3．3 浙貝堿/1NP9（2∶1）復(fù)合物的動(dòng)力學(xué)模擬\t72
5．3．4 浙貝堿/1KF1復(fù)合物的動(dòng)力學(xué)模擬\t74
5．3．5 浙貝堿/143D復(fù)合物的動(dòng)力學(xué)模擬\t76
5．3．6 G-四鏈體的溝槽結(jié)構(gòu)對(duì)浙貝堿結(jié)合的影響\t77
5．3．7 G-四鏈體TTA環(huán)結(jié)構(gòu)對(duì)浙貝堿結(jié)合的影響\t79
5．3．8 浙貝堿與端粒酶G-四鏈體的自由能\t80
第6章 螺旋烴M與高階端粒DNA G-四鏈體的分子動(dòng)力學(xué)
模擬研究\t82
6．1 引言\t82
6．2 螺旋烴M與不同高階端粒DNA G-四鏈體的分子對(duì)接\t84
6．2．1 螺旋烴M分子結(jié)構(gòu)\t84
6．2．2 分子對(duì)接結(jié)果\t84
6．3 高階端粒DNA G-四鏈體的分子動(dòng)力學(xué)模擬\t85
6．3．1 二階端粒DNA G-四鏈體及其復(fù)合物的動(dòng)力學(xué)模擬\t85
6．3．2 三階端粒DNA G-四鏈體及其復(fù)合物的動(dòng)力學(xué)模擬\t90
6．4 高階端粒DNA G-四鏈體的PCA分析\t93
6．5 高階端粒DNA G-四鏈體的均方根漲落值分析\t94
6．6 螺旋烴M對(duì)二重復(fù)單元端粒DNA G-四鏈體結(jié)構(gòu)的影響\t96
6．7 螺旋烴M對(duì)三重復(fù)端粒DNA G-四鏈體結(jié)構(gòu)的影響\t97
參考文獻(xiàn)\t99
第7章 RNA適配子與NF-(B P50相互作用的分子動(dòng)力學(xué)
模擬研究\t101
7．1 引言\t101
7．2 29-nt RNA/P50復(fù)合物的分子動(dòng)力學(xué)模擬\t102
7．2．1 29-nt RNA/P50復(fù)合物分子動(dòng)力學(xué)模擬的軌跡穩(wěn)定性\t102
7．2．2 復(fù)合物結(jié)構(gòu)的波動(dòng)性\t102
7．2．3 RNA和P50的靜電勢(shì)\t104
7．2．4 29-nt RNA與P50相互作用位點(diǎn)\t104
7．2．5 P50單體分子動(dòng)力學(xué)模擬的軌跡穩(wěn)定性\t106
7．2．6 P50單體結(jié)構(gòu)的波動(dòng)性\t106
7．2．7 29-nt RNA/P50復(fù)合物體系自由能\t107
7．3 自由29-nt RNA的構(gòu)象動(dòng)力學(xué)模擬\t108
7．3．1 自由29-nt RNA分子動(dòng)力學(xué)模擬的軌跡穩(wěn)定性\t108
7．3．2 自由29-nt RNA結(jié)構(gòu)的波動(dòng)性\t108
7．3．3 自由29-nt RNA分子動(dòng)力學(xué)模擬構(gòu)象\t109
7．3．4 自由29-nt RNA螺旋參數(shù)\t110
7．4 突變RNA的構(gòu)象動(dòng)力學(xué)模擬\t113
7．4．1 突變RNA分子動(dòng)力學(xué)模擬軌跡的穩(wěn)定性\t113
7．4．2 突變RNA結(jié)構(gòu)的波動(dòng)性\t113
7．4．3 突變RNA螺旋參數(shù)\t114
7．4．4 自由29-nt RNA和突變RNA的自由能\t116
參考文獻(xiàn)\t117