生物信息學Perl（語言基礎）

目錄
第一章 Perl語言簡介 1
第一節(jié) Perl語言基本知識 1
一、Perl語言歷史 1
二、不同操作系統(tǒng)下的Perl語言 1
三、Perl語言的特點及其在生物信息學中的應用 2
第二節(jié) Perl語言環(huán)境的安裝和Perl代碼的運行 4
一、安裝Perl4
二、運行Perl5
三、Perl內建文檔的查看 6
第二章 Perl的語法與運行控制 9
第一節(jié) Perl語言的基本單位 9
第二節(jié) Perl語言數(shù)據(jù)類型及數(shù)據(jù)的書寫規(guī)則 12
一、直接量 13
二、變量 16
三、Perl語法基本規(guī)則 19
第三節(jié) 用戶交互與分支控制結構 22
第四節(jié) 循環(huán)控制結構 27
一、while循環(huán)控制結構 27
二、for循環(huán)控制結構 31
三、循環(huán)的嵌套 32
第五節(jié) Perl代碼的調試（語法分析） 36
第三章 數(shù)組和列表 42
第一節(jié) 數(shù)組與列表概述 43
一、數(shù)組及其元素的命名規(guī)則 43
二、列表與數(shù)組的賦值 44
三、數(shù)組的定義方法 46
四、數(shù)組元素的增加和減少操作（pop、push、shift、unshift） 46
五、其他數(shù)組和列表相關操作（<>、chomp、chop、reverse、sort） 50
第二節(jié) 用foreach循環(huán)遍歷數(shù)組 51
第三節(jié) Perl語言的上下文 55
第四節(jié) 函數(shù)基本知識及map和grep函數(shù) 59
一、函數(shù)基本知識 59
二、利用map、grep函數(shù)更簡單地處理數(shù)組 60
第五節(jié) Perl代碼的調試（用print檢驗數(shù)據(jù)） 64
第四章 正則表達式、匹配、替換和翻譯 68
第一節(jié) 正則表達式 70
一、正則表達式的基本字符單元 70
二、字符單元的特征描述 71
三、正則表達式中的邏輯關系符 72
四、正則表達式中的優(yōu)先權和變量內插 73
第二節(jié) 匹配 74
一、正則表達式的匹配過程 75
二、量詞的貪婪模式和非貪婪模式 79
三、匹配內容的捕獲和匹配過程中反向引用 83
第三節(jié) 替換和翻譯 90
一、替換 90
二、翻譯 92
第四節(jié) split和join函數(shù) 97
第五章 自定義函數(shù)和數(shù)據(jù)輸入輸出 101
第一節(jié) 自定義函數(shù)的定義和調用 101
第二節(jié) 參數(shù)傳入與返回值 102
一、參數(shù)傳入 102
二、自定義函數(shù)返回值 104
第三節(jié) 變量作用范圍 106
一、my 107
二、our 108
三、local和state 109
第四節(jié) 磁盤文件數(shù)據(jù)的讀取和寫入 112
一、創(chuàng)建和取消文件和文件句柄間的關聯(lián) 112
二、數(shù)據(jù)輸出到磁盤文件 115
三、磁盤文件讀取和鉆石操作符<> 116
四、Perl語言的行尾符 117
第六章 哈希和文件目錄操作 122
第一節(jié) 哈希的基本用法 124
一、哈希和數(shù)組的異同 124
二、哈希的定義和賦值 125
第二節(jié) 哈希的相關函數(shù) 127
一、keys函數(shù)和values函數(shù) 127
二、each函數(shù) 128
三、exists函數(shù) 129
四、delete函數(shù) 129
五、真假、undef和exists的關系 130
六、自定義函數(shù)參數(shù)中的列表、數(shù)組和哈希 131
第三節(jié) 哈希的實例 134
一、DNA反向互補 134
二、DNA序列翻譯 134
三、統(tǒng)計蛋白質序列氨基酸組成 136
四、計算蛋白質分子量 137
五、處理多列關系數(shù)據(jù) 138
六、利用exists函數(shù)快速查找示例 142
第四節(jié) 目錄和文件相關操作 144
第七章 引用與復雜數(shù)據(jù)結構 149
第一節(jié) 引用與解引用 152
一、變量的引用與解引用方法 152
二、引用的幾種應用場景 154
第二節(jié) 匿名引用 160
一、[]生成列表的匿名引用 160
二、{}生成哈希的匿名引用，ref函數(shù)判斷并返回引用種類 161
第三節(jié) 二維數(shù)據(jù) 162
一、數(shù)組的數(shù)組 162
二、哈希組成的數(shù)組 167
三、數(shù)組作為哈希的值 167
四、哈希組成的哈希 170
第四節(jié) 更復雜的結構 173
第五節(jié) 格式化輸出 176
一、printf和sprintf命令 176
二、write配合FORMAT格式化輸出 178
第八章 與操作系統(tǒng)進行交互 186
第一節(jié) 調用操作系統(tǒng)命令 186
一、exec函數(shù)執(zhí)行操作系統(tǒng)命令 187
二、system函數(shù)執(zhí)行操作系統(tǒng)命令 187
三、重音號引用執(zhí)行操作系統(tǒng)命令 188
第二節(jié) Perl代碼的命令行參數(shù)傳遞 189
第三節(jié) Perl的單行命令 191
第九章 模塊基礎和CPAN介紹 193
第一節(jié) 模塊基本知識與使用 193
一、模塊相關概念 193
二、模塊的調用（use和require） 197
第二節(jié) 模塊的編寫 198
第三節(jié) CPAN介紹 202
第四節(jié) Perl代碼的調試（利用Dumper模塊輸出數(shù)據(jù)） 203
第十章 BioPerl和Perl的面向對象編程 205
第一節(jié) BioPerl的安裝 206
一、利用CPAN來安裝BioPerl 206
二、下載安裝包并安裝BioPerl 207
第二節(jié) BioPerl的Seq和SeqIO類 207
一、Seq類 208
二、SeqIO類 210
第三節(jié) 面向對象格式的模塊編寫演示 216
第四節(jié) Perl代碼的調試（用調試器調試） 220
一、運行控制命令 222
二、斷點和跟蹤命令 223
三、顯示命令 224
四、定位代碼 224
參考文獻 226
附錄 227
附錄Ⅰ Perl操作符總結 227
附錄Ⅱ Perl函數(shù) 230
附錄Ⅲ Perl保留變量 235