網絡藥理學

 
第1章網絡靶標理論與網絡藥理學
1.1網絡藥理學： 下一代藥物研究模式
1.2中醫(yī)藥在網絡藥理學起源和發(fā)展中的關鍵作用
1.3網絡藥理學核心理論： 網絡靶標
1.3.1網絡靶標理論的提出與發(fā)展
1.3.2網絡靶標的概念
1.4網絡藥理學研究模式和特點概述
1.4.1“單靶標局部對抗”研究模式
1.4.2“網絡靶標系統(tǒng)調節(jié)”研究模式
1.4.3網絡藥理學分析典型場景
1.4.4網絡藥理學研究特點、挑戰(zhàn)及發(fā)展方向
參考文獻
第2章基于人工智能算法的網絡藥理學在藥物研發(fā)中的應用
2.1運用于網絡藥理學的人工智能方法介紹
2.1.1人工智能算法簡介
2.1.2人工智能算法性能評價方法
2.1.3人工智能方法應用條件
2.1.4人工智能方法的前沿和展望
2.2人工智能在網絡藥理學研究中的應用
2.2.1藥物靶點的預測和發(fā)現
2.2.2藥物作用機制的研究
2.2.3藥物新用途的發(fā)現
2.2.4中藥物質基礎與中醫(yī)治療理論的研究
2.3人工智能方法的應用展望
參考文獻
第3章網絡藥理學常用數據庫
3.1網絡藥理學常用中醫(yī)藥數據庫
3.1.1ETCM： 中醫(yī)藥百科全書
3.1.2SymMap： 關注證候關聯的中醫(yī)藥整合數據庫
3.1.3BATMANTCM： 中藥分子機制的生物信息學分析平臺
3.1.4TCMID： 用于中藥分子機制分析的中醫(yī)藥整合數據庫
3.1.5其他中醫(yī)藥數據庫
3.2網絡藥理學常用生物相關數據庫
3.2.1OMIM： 人類孟德爾遺傳病在線數據庫
3.2.2HPO： 人類表型本體數據庫
3.2.3DisGeNET： 疾病基因關聯數據庫
3.2.4MalaCards： 疾病信息數據
3.3網絡藥理學常用靶標相關數據庫
3.3.1TTD： 治療靶標數據庫
3.3.2PDB： 蛋白質晶體結構數據庫
3.3.3GeneCards： 基因信息數據庫
3.3.4KEGG： 京都基因與基因組百科全書
3.4網絡藥理學常用蛋白相互作用數據庫
3.4.1BioGRID： 生物學通用相互作用數據庫
3.4.2DIP： 蛋白質相互作用數據庫
3.4.3IntAct： 分子相互作用數據庫
3.4.4STRING： 基因/蛋白相互作用關系數據庫
參考文獻
第4章網絡藥理學常用軟件
4.1網絡藥理學軟件功能框架及分類
4.1.1總體軟件功能需求
4.1.2網絡藥理學軟件功能框架及分類
4.2網絡藥理學常用的Web軟件
4.2.1藥物靶標預測Web軟件
4.2.2藥物適應癥分析Web軟件
4.2.3基因功能富集分析Web軟件
4.2.4蛋白相互作用網絡構建Web軟件
4.3基于圖形化界面操作的軟件
4.3.1差異基因富集分析軟件
4.3.2網絡分析軟件
4.4基于編程語言的工具包
4.4.1NetworkX
4.4.2igraph
參考文獻
第5章網絡藥理學和中醫(yī)藥現代化研究案例
5.1網絡藥理學與中醫(yī)證候研究案例
5.1.1寒、熱證候及對證方劑的網絡藥理學研究案例分析
5.1.2慢性乙型肝炎致肝纖維化的“同病異證”研究案例分析
5.2網絡藥理學與中藥方劑研究案例
5.2.1中藥復方距離的交互信息模型DMIM研究分析
5.2.2六味地黃丸復方的網絡藥理學分析
5.3網絡藥理學與中藥創(chuàng)制研究案例
5.3.1基于網絡靶標的多成分協同識別方法
5.3.2青蒿素抗惡性瘧原蟲的多靶點機制研究分析
5.4網絡藥理學與民族藥研究案例
5.4.1三種豨薟草的化學成分和藥理作用對比研究分析
5.4.2白花蛇舌草抗非小細胞肺癌的機制研究分析
5.5網絡藥理學與國際傳統(tǒng)醫(yī)藥研究案例
5.5.1巴西紅厚葉提取物的抗癌活性研究分析
5.5.2濱海前胡提取物對骨關節(jié)炎的保護作用
參考文獻
第6章網絡藥理學與現代藥物研發(fā)案例
6.1復雜疾病內在機制和干預靶標
6.1.1轉錄因子POU3F2調節(jié)精神疾病患者腦組織的基因共表達網絡
6.1.2基于網絡的CRISPRCas9組合篩選識別人類細胞中的協同作用模塊
6.2藥物系統(tǒng)性作用機制
6.2.1基于網絡的計算藥物療效篩選
6.2.2通過轉錄響應發(fā)現藥物作用機制和藥物重定位
6.3多靶標藥物研發(fā)
6.3.1缺血性中風： 從單一藥物靶標到協同的網絡藥理學
6.3.2聯合網絡藥理學與表型篩選開發(fā)新的止痛類藥物
6.4藥物重新定位
6.4.1基于網絡的藥物重定位預測及基于人群的驗證
6.4.2基于網絡藥理學的藥物重定位發(fā)現新的抗抑郁藥物
6.5組合藥物研發(fā)
6.5.1基于網絡的藥物組合預測
6.5.2結合基因組和網絡特征預測協同的抗癌藥物組合
參考文獻
第7章基于藥物的網絡藥理學實踐流程
7.1尋找單味中藥或方劑的有效成分
7.1.1數據采集與處理
7.1.2網絡構建與可視化
7.1.3網絡分析與預測
7.1.4驗證與總結
7.2闡述單味中藥或方劑的藥效機制
7.2.1數據采集與處理
7.2.2網絡構建與可視化
7.2.3網絡分析與預測
7.2.4驗證與總結
7.3詮釋中藥配伍理論的科學內涵
7.3.1數據采集與處理
7.3.2網絡構建與可視化
7.3.3網絡分析與預測
7.3.4驗證與總結
7.4解釋中藥與西藥之間的相互作用
7.4.1數據采集與處理
7.4.2網絡構建與可視化
7.4.3網絡分析與預測
7.4.4驗證與總結
7.5藥物臨床應用的重定位——中藥成分保護腦缺血再灌注損傷的新用途
7.5.1數據采集與處理
7.5.2網絡構建與可視化
7.5.3網絡分析與預測
7.5.4驗證與總結
7.6多靶點藥物的開發(fā)——中藥配伍保護低密度脂蛋白誘導的內皮細胞損傷
7.6.1數據采集與處理
7.6.2網絡構建與可視化
7.6.3網絡分析與預測
7.6.4驗證與總結
參考文獻
第8章基于疾病的網絡藥理學實踐流程
8.1冠心病疾病網絡構建及分析
8.1.1數據采集與處理
8.1.2網絡構建與可視化
8.1.3網絡分析與預測
8.1.4驗證與總結
8.2疾病網絡用于中藥方劑的研究實踐
8.2.1中藥方劑的整合作用機制研究
8.2.2中藥方劑的“君臣佐使”配伍規(guī)律研究
8.2.3中藥方劑的“益氣、活血”功效研究
8.3疾病網絡用于整體藥效評價研究實踐
8.3.1數據采集與處理
8.3.2網絡構建與可視化
8.3.3網絡分析與預測
8.3.4主要結論
參考文獻
第9章基于藥物疾病的網絡藥理學實踐流程
9.1化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的網絡藥理學研究
9.1.1化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的作用靶點預測
9.1.2化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的作用靶點驗證
9.1.3化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的調控網絡分析
9.2丹紅注射液治療心血管疾病的網絡藥理學研究
9.2.1丹紅注射液治療心血管疾病的作用靶點預測
9.2.2丹紅注射液治療心血管疾病的作用靶點驗證
9.2.3丹紅注射液治療心血管疾病的調控網絡分析
參考文獻
附錄A國內外同行評價中醫(yī)藥在網絡藥理學中的開拓性貢獻和關鍵推動作用
附錄B名詞索引
后記