白樺木材形成及分子調(diào)控

目錄
第1章白樺形成層表達譜分析及相關(guān)基因季節(jié)調(diào)控1
1.1引言1
1.1.1木材形成的生物學過程及其基因調(diào)控2
1.1.2木材形成的EST分析研究方法6
1.1.3本研究的內(nèi)容和技術(shù)路線8
1.2白樺形成層cDNA文庫的構(gòu)建8
1.2.1材料與方法9
1.2.2文庫構(gòu)建及質(zhì)量分析10
1.2.3小結(jié)12
1.3白樺形成層基因表達分析13
1.3.1材料與方法13
1.3.2文庫的基本特征14
1.3.3序列同源比較及功能分類15
1.3.44個物種形成區(qū)域文庫數(shù)據(jù)比較15
1.3.5白樺木材形成相關(guān)基因及分類17
1.3.6白樺形成層表達相關(guān)基因文庫特征分析19
1.3.7小結(jié)19
1.4白樺木材形成相關(guān)基因季節(jié)性表達分析20
1.4.1材料與方法20
1.4.2基因表達分析22
1.4.3白樺木材形成相關(guān)基因季節(jié)性表達特征分析24
1.4.4小結(jié)26
1.5編碼區(qū)全長基因的生物信息學分析26
1.5.1材料與方法27
1.5.2木材形成相關(guān)基因生物信息學特征27
1.5.3小結(jié)42
第2章白樺莖初生向次生轉(zhuǎn)變的分子調(diào)控43
2.1引言43
2.2白樺初生和次生莖發(fā)育解剖學分析44
2.2.1材料與方法44
2.2.2白樺初生和次生莖發(fā)育解剖學特征45
2.2.3小結(jié)47
2.3白樺初生和次生莖發(fā)育數(shù)字基因表達譜構(gòu)建及調(diào)控分析47
2.3.1材料與方法47
2.3.2測序質(zhì)量評估分析51
2.3.3差異表達基因的分析51
2.3.4差異表達基因qRT-PCR分析52
2.3.5層次聚類分析53
2.3.6GO功能分析55
2.3.7細胞擴展和伸長相關(guān)基因的研究57
2.3.8生長激素相關(guān)基因參與初生和次生莖發(fā)育的研究57
2.3.9莖發(fā)育相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子的研究58
2.3.10類受體蛋白激酶調(diào)節(jié)莖發(fā)育的功能研究59
2.3.11參與木質(zhì)素生物合成途徑的關(guān)鍵酶基因表達分析60
2.3.12纖維素合成相關(guān)酶類分析60
2.3.13細胞壁修飾相關(guān)基因的分析62
2.3.14小結(jié)62
第3章激素處理及施肥對白樺木質(zhì)部發(fā)育及材性的影響64
3.1引言64
3.2施肥對白樺材性性狀影響分析66
3.2.1材料與方法66
3.2.2施肥對生長性狀的分析68
3.2.3施肥對木質(zhì)素和纖維素含量的影響68
3.2.4纖維長寬的分析69
3.2.5施肥對導管的影響69
3.2.6木材基本密度及微纖絲角分析71
3.2.7小結(jié)72
3.3激素處理對白樺木質(zhì)部發(fā)育及細胞壁形成相關(guān)基因表達調(diào)控的影響72
3.3.1材料與方法72
3.3.2白樺種子發(fā)芽分析74
3.3.3白樺幼苗生長與次生木質(zhì)部發(fā)育分析76
3.3.4白樺SCW基因的序列特征及系統(tǒng)發(fā)育分析79
3.3.5赤霉素處理下SCW基因表達模式分析82
3.3.6小結(jié)85
第4章白樺應(yīng)拉木形成及分子調(diào)控86
4.1引言86
4.1.1應(yīng)力木系統(tǒng)的研究86
4.1.2轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)及其在應(yīng)力木研究中的應(yīng)用87
4.1.3蛋白質(zhì)組學技術(shù)及其在應(yīng)力木研究中的應(yīng)用88
4.1.4代謝組學研究技術(shù)及其在應(yīng)力木研究中的應(yīng)用91
4.2白樺木質(zhì)部響應(yīng)重力刺激的轉(zhuǎn)錄組學分析92
4.2.1材料與方法92
4.2.2應(yīng)拉木化學組分及解剖學分析94
4.2.3RNA質(zhì)量檢測94
4.2.4測序數(shù)據(jù)產(chǎn)量和組裝結(jié)果96
4.2.5unigene的功能注釋97
4.2.6轉(zhuǎn)錄組中的高豐度unigene99
4.2.7差異表達基因的鑒定100
4.2.8FLA基因的表達分析102
4.2.9LTP基因的表達分析102
4.2.10莽草酸、苯丙素和木質(zhì)素單體生物合成途徑基因表達分析103
4.2.11生長激素相關(guān)基因表達分析109
4.2.12Solexa基因表達譜qRT-PCR驗證109
4.2.13小結(jié)110
4.3白樺木質(zhì)部蛋白提取方法的建立111
4.3.1材料與方法111
4.3.2不同方法提取的蛋白質(zhì)得率比較113
4.3.3不同提取方法的單向電泳（1-DE）圖譜分析113
4.3.4不同提取方法的雙向電泳（2-DE）圖譜分析113
4.3.5木質(zhì)部蛋白提取方法的綜合分析115
4.3.6小結(jié)116
4.4白樺分生木質(zhì)部響應(yīng)重力的蛋白質(zhì)組學分析116
4.4.1材料與方法116
4.4.2白樺TW、OW、NW的生長表型118
4.4.3白樺TW、OW和NW木質(zhì)部蛋白質(zhì)量檢測119
4.4.4原始數(shù)據(jù)分析和蛋白質(zhì)鑒定結(jié)果120
4.4.5差異表達蛋白的鑒定122
4.4.6差異表達蛋白的功能注釋123
4.4.7多糖代謝途徑和纖維素合成途徑相關(guān)蛋白分析133
4.4.8苯丙氨酸和酪氨酸代謝相關(guān)蛋白與苯丙素和木質(zhì)素生物合成分析134
4.4.9檸檬酸循環(huán)相關(guān)蛋白分析135
4.4.10小結(jié)135
4.5白樺木質(zhì)部響應(yīng)人工彎*處理和重力刺激的代謝組學分析136
4.5.1材料與方法136
4.5.2白樺木質(zhì)部響應(yīng)重力信號和人工彎*刺激的代謝物鑒定137
4.5.3白樺木質(zhì)部響應(yīng)重力信號和人工彎*刺激的差異代謝物分析138
4.5.4白樺木質(zhì)部響應(yīng)人工彎*刺激的代謝譜分析141
4.5.5小結(jié)146
參考文獻147