抗病毒藥物研發(fā)原理：快速發(fā)現(xiàn)技術與應用實踐

緒論1
第一部分　病毒制備實驗技術方法
第一章　雞胚培養(yǎng)法 11
第一節(jié)　概況  11
第二節(jié)　接種技術 11
第二章　動物接種法16
第一節(jié)　概況 16
第二節(jié)　動物接種16
第三節(jié)　樣本的收集與處理 17
第三章　組織培養(yǎng)法20
第一節(jié)　概況 20
第二節(jié)　單層細胞培養(yǎng)20
第三節(jié)　類器官培養(yǎng) 23
第四章　空斑及空斑減少中和試驗 27
第一節(jié)　概況 27
第二節(jié)　材料 27
第三節(jié)　空斑滴定試驗28
第四節(jié)　空斑減少中和試驗 28
第五章　紅細胞凝集及凝集抑制試驗 30
第一節(jié)　概況 30
第二節(jié)　紅細胞懸液制備30
第三節(jié)　紅細胞凝集試驗33
第四節(jié)　紅細胞凝集抑制試驗36
第五節(jié)　紅細胞凝集抑制試驗抗體檢測39 
第二部分　新藥發(fā)現(xiàn)與藥理學評價
抗病毒藥物研發(fā)原理：快速發(fā)現(xiàn)技術與應用實踐 
X
第六章　流感病毒神經(jīng)氨酸酶抑制活性評價47
第七章　流感病毒內(nèi)切酶抑制活性評價 50
第八章　流感病毒血凝素抑制活性評價 53
第九章　宿主關鍵蛋白 CLK1抑制活性評價56
第十章　新型冠狀病毒 3CLpro抑制活性評價59
第十一章　病毒誘導的細胞病變效應抑制活性評價61
第十二章　流感病毒感染小鼠模型及藥效評價65
第十三章　RT-PCR檢測技術68
第十四章　炎癥因子檢測72
第三部分　虛擬篩選與網(wǎng)絡計算方法
第十五章　虛擬篩選的計算資源介紹 77
第一節(jié)　引言 77
第二節(jié)　化合物庫資源78
第三節(jié)　靶標庫資源 90
第四節(jié)　虛擬篩選在線工具 96
第十六章　基于受體結構的虛擬篩選 103
第一節(jié)　引言 103
第二節(jié)　分子對接103
第三節(jié)　分子動力學模擬107
第四節(jié)　全新藥物設計 110
第十七章　基于配體結構的虛擬篩選  114
第一節(jié)　引言  114
第二節(jié)　2D/3D相似度搜索 114
第三節(jié)　藥效團搜索  118
第四節(jié)　機器學習與深度學習120
第十八章　基于網(wǎng)絡方法的虛擬篩選 128
第一節(jié)　引言 128
第二節(jié)　網(wǎng)絡近鄰法 129
第三節(jié)　其他網(wǎng)絡方法129
第十九章　網(wǎng)絡藥理學的技術方法 132
第一節(jié)　引言 132 
第二節(jié)　網(wǎng)絡藥理學相關理論132
第三節(jié)　網(wǎng)絡藥理學常見數(shù)據(jù)庫、軟件及分析方法133
第四節(jié)　網(wǎng)絡藥理學研究實踐流程 139
第四部分　靶向病毒蛋白的藥物發(fā)現(xiàn)
第二十章　流感病毒神經(jīng)氨酸酶（NA）抑制劑高通量篩選模型的建立與應用145第一節(jié)　引言 145第二節(jié)　流感病毒 NA抑制劑篩選模型的建立 146第三節(jié)　流感病毒 NA抑制劑的高通量篩選154
第二十一章　流感病毒 RNA聚合酶的內(nèi)切酶抑制劑篩選模型的建立與新藥
　　　　　　發(fā)現(xiàn) 158
第一節(jié)　引言 158
第二節(jié)　流感病毒 RNA聚合酶的內(nèi)切酶抑制劑高通量篩選模型的建立158
第三節(jié)　PA抑制劑的理性篩選與新藥發(fā)現(xiàn)163
第四節(jié)　討論與結論 167
第二十二章　細皺香薷中抗流感病毒活性成分的提取分離與活性評價169
第一節(jié)　引言 169
第二節(jié)　細皺香薷中抗流感病毒活性成分的提取分離與結構鑒定 169
第三節(jié)　抗流感病毒有效成分的評價172
第四節(jié)　討論與結論 175
第二十三章　蘇木中抗流感病毒活性成分的提取分離與活性評價177
第一節(jié)　引言 177
第二節(jié)　蘇木中抗流感病毒活性成分的提取分離與結構鑒定177
第三節(jié)　抗病毒有效成分的評價180
第四節(jié)　討論與結論 182
第二十四章　猴耳環(huán)等中藥中抗流感病毒活性成分研究 184
第一節(jié)　引言 184
第二節(jié)　猴耳環(huán)中抗流感病毒活性成分研究184
第三節(jié)　虎杖中抗流感病毒活性成分研究 187
第四節(jié)　買麻藤中抗流感病毒活性成分研究189
第五節(jié)　甘草中抗流感病毒活性成分研究 191
第二十五章　黃酮類化合物作為流感病毒 NA抑制劑的構效關系分析 195
第一節(jié)　引言 195
第二節(jié)　黃酮類化合物抗流感病毒活性評價195
第三節(jié)　黃酮類化合物抑制 NA的構效關系分析201 
目　　錄 
第四節(jié)　討論與結論 202
第二十六章　臨床常用中成藥體外抗流感病毒作用再評價 206
第一節(jié)　引言 206
XII
第二節(jié)　臨床常用中成藥流感病毒 NA抑制活性評價 206
第三節(jié)　細胞水平抗流感病毒活性評價209
第四節(jié)　討論與結論  211
第五部分　靶向宿主蛋白的藥物發(fā)現(xiàn)
第二十七章　宿主蛋白 CLK1抑制劑篩選模型的建立與新藥發(fā)現(xiàn)215
第一節(jié)　引言 215
第二節(jié)　宿主蛋白 CLK1抑制劑篩選模型的建立 216
第三節(jié)　CLK1抑制劑的抗流感病毒活性221
第二十八章　圍涎素體內(nèi)抗流感病毒藥效及其作用機制研究 225
第一節(jié)　引言 225
第二節(jié)　圍涎素體內(nèi)抗流感病毒藥效225
第三節(jié)　圍涎素抗流感病毒機制研究230
第六部分　基于虛擬篩選與網(wǎng)絡計算的藥物發(fā)現(xiàn)
第二十九章　基于機器學習的流感病毒 NA抑制劑預測模型的建立與新藥發(fā)現(xiàn)241
第一節(jié)　引言 241
抗病毒藥物研發(fā)原理：快速發(fā)現(xiàn)技術與應用實踐 
第二節(jié)　NA抑制劑預測模型的建立241
第三節(jié)　NA抑制劑的預測與活性 250
第四節(jié)　討論與結論 252
第三十章　基于機器學習的新型冠狀病毒 3CLpro抑制劑的發(fā)現(xiàn)與體外抗病毒
　　　　　活性驗證254
第一節(jié)　引言 254
第二節(jié)　新型冠狀病毒 3CLpro抑制劑預測模型的建立254
第三節(jié)　3CLpro抑制劑的預測與實驗驗證260
第四節(jié)　討論與結論 265
第三十一章　基于網(wǎng)絡鄰近法和宿主 -病毒相互作用組的抗流感病毒藥物發(fā)現(xiàn)267
第一節(jié)　引言 267
第二節(jié)　基于網(wǎng)絡鄰近法和宿主 -病毒相互作用組的抗流感病毒藥物發(fā)現(xiàn)267
第三節(jié)　苗頭藥物體外抗流感病毒活性評價270
第四節(jié)　苗頭藥物抗流感病毒的初步機制研究276 
第五節(jié)　討論與結論 280
第三十二章　基于網(wǎng)絡鄰近法和宿主 -病毒相互作用組的抗新型冠狀病毒藥物
　　　　　　發(fā)現(xiàn) 282
第一節(jié)　引言 282
第二節(jié)　基于網(wǎng)絡鄰近法的抗新型冠狀病毒藥物發(fā)現(xiàn)283
第三節(jié)　抗新型冠狀病毒活性驗證與機制探討291
第四節(jié)　討論與結論 293
第三十三章　沙美特羅體內(nèi)外抗甲型流感病毒的藥效確證與機制研究296
第一節(jié)　引言 296
第二節(jié)　沙美特羅體內(nèi)外抗甲型流感病毒的藥效作用296
第三節(jié)　沙美特羅抗流感病毒作用機制300
第四節(jié)　討論與結論 306
第三十四章　復方一枝蒿抗流感有效成分的預測與網(wǎng)絡機制研究310
第一節(jié)　引言 310
第二節(jié)　化合物 -靶標相互作用預測模型的建立和 CYZH有效成分預測310
第三節(jié)　復方一枝蒿抗流感有效成分的預測與驗證318
第四節(jié)　討論與結論 323
第三十五章　小柴胡湯抗人冠狀病毒感染的物質(zhì)基礎與網(wǎng)絡機制研究326
第一節(jié)　引言 326
第二節(jié)　小柴胡湯抗人冠狀病毒感染的有效成分發(fā)現(xiàn)328
第三節(jié)　小柴胡湯抗人冠狀病毒感染的網(wǎng)絡機制研究341
第四節(jié)　討論與結論 345
附錄349
致謝372 
目　　錄