分子數(shù)據(jù)在物種系統(tǒng)發(fā)育中的應(yīng)用

前言
第一章 緒論
第一節(jié) 生物分子數(shù)據(jù)庫(kù)
一、核酸數(shù)據(jù)庫(kù)
二、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)
三、生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)
第二節(jié) 線粒體基因組研究
一、動(dòng)物線粒體基因組的基本特征
二、線粒體基因組的分析方法
三、線粒體基因組的進(jìn)化特征
四、DNA條形碼的應(yīng)用
第三節(jié) 分子系統(tǒng)發(fā)育分析
一、分子序列數(shù)據(jù)的特點(diǎn)
二、重建系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系
三、分子系統(tǒng)發(fā)育分析的常用軟件
第四節(jié) 適應(yīng)性進(jìn)化分析
一、分子進(jìn)化的中性學(xué)說
二、適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)的原理和方法
三、基于密碼子水平分析線粒體基因組的選擇壓力
四、適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)的常用軟件——CODEML
第五節(jié) cDNA文庫(kù)的構(gòu)建及EST技術(shù)的應(yīng)用
一、SMART cDNA文庫(kù)
二、EST技術(shù)的應(yīng)用
三、電子克隆技術(shù)及其應(yīng)用
第六節(jié) 裂腹魚類的研究概述
一、裂腹魚類的起源、分布、形態(tài)和分類
二、裂腹魚類的演化與青藏高原環(huán)境變化的關(guān)系
三、裂腹魚類線粒體基因的研究現(xiàn)狀
第二章 拉薩裸裂尻魚、異齒裂腹魚和拉薩裂腹魚線粒體全基因組的測(cè)定
第一節(jié) 材料與方法
一、樣品采集
二、實(shí)驗(yàn)儀器與試劑
三、實(shí)驗(yàn)方法
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、線粒體全基因組的結(jié)構(gòu)特征
二、蛋白質(zhì)編碼基因
三、tRNA基因
四、rRNA基因
五、D-Loop區(qū)
六、密碼子使用分析
七、與其它鯉科魚類線粒體全基因組的比較
第三節(jié) 討論
第四節(jié) 小結(jié)
第三章 用線粒體基因組和RAG2探討鯉科的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系并估算分歧時(shí)間
第一節(jié) 材料與方法
一、外類群的選擇
二、數(shù)據(jù)來源
三、數(shù)據(jù)分析
四、系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
五、分歧時(shí)間估算
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、序列分析
二、系統(tǒng)發(fā)育分析
三、分歧時(shí)間估算
第三節(jié) 討論
一、序列變異及其系統(tǒng)發(fā)育意義
二、不同構(gòu)樹方法的比較
三、亞科間的進(jìn)化分析
四、裂腹魚亞科的分支發(fā)生事件
第四節(jié) 小結(jié)
第四章 用線粒體全基因組探討裂腹魚類的適應(yīng)性進(jìn)化
第一節(jié) 材料與方法
一、數(shù)據(jù)來源
二、dN/dS分析
三、正選擇位點(diǎn)檢測(cè)
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、鯉科rRNAs & PCGs聯(lián)合基因的適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)
二、裂腹魚亞科CYTB基因的適應(yīng)性進(jìn)化檢測(cè)
第三節(jié) 討論
第四節(jié) 小結(jié)
第五章 拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫(kù)的構(gòu)建、EST測(cè)序及生物信息學(xué)分析
第一節(jié) 材料與方法
一、實(shí)驗(yàn)材料
二、實(shí)驗(yàn)儀器與試劑
三、實(shí)驗(yàn)方法
第二節(jié) 結(jié)果與分析
一、總RNA的提取和mRNA分離
二、拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫(kù)的構(gòu)建和鑒定
三、EST測(cè)定及生物信息學(xué)分析
第三節(jié) 討論
一、拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫(kù)的構(gòu)建
二、EST序列的生物信息學(xué)分析
第四節(jié) 小結(jié)
第六章 總結(jié)與展望
一、本研究的主要結(jié)果
二、進(jìn)一步的研究方向
參考文獻(xiàn)