為了作出全部所屬特種部隊(duì)的預(yù)算和項(xiàng)目計(jì)劃備忘錄，司令部要建立一套項(xiàng)目計(jì)劃和預(yù)算的系統(tǒng)。即使有國會的授權(quán)，司令部發(fā)現(xiàn)要運(yùn)行ＭＦＰ－１１非常困難。因?yàn)閰⒅\力量不足，為完成這些任務(wù)，司令部采取了一些有效措施。１９８９年，空軍完成、提交了第一份備忘錄。１９９０年１０月，根據(jù)達(dá)福特的指示，司令部開始執(zhí)行預(yù)算權(quán)。１９９１年，司令部開始全面負(fù)責(zé)實(shí)施計(jì)劃項(xiàng)目備忘錄，司令部能夠自主地根據(jù)特種部隊(duì)的任務(wù)要求和發(fā)展需要，來制定計(jì)劃項(xiàng)目備忘錄并予以實(shí)施。ＭＦＰ－１１的建立，使司令部能自行決定如何在特別行動的要求和計(jì)劃方案之間尋找平衡點(diǎn)。

為了最有效地分配司令部的資源，唐寧將軍建立了《戰(zhàn)略計(jì)劃步驟》，在薩通將軍和斯古梅克將軍的任期內(nèi)，依然沿用這個(gè)分配資源的先后順序。隨后，由于資金越來越有限，司令部必須作出重大的調(diào)整，使有限資源發(fā)揮最大的效益。

首先，由于資金短缺，斯古梅克將軍將司令部機(jī)關(guān)與其下屬單位合并，這樣做的結(jié)果，保證了特種部隊(duì)總司令和下屬部隊(duì)司令（被稱為“董事會”）共同決定資源的優(yōu)先使用權(quán)在下屬司令部執(zhí)行的過程中不會發(fā)生改變。其次，由總司令主管資源分配能確保實(shí)施過程中的“忠誠度”，軍事結(jié)構(gòu)、準(zhǔn)備、資源和戰(zhàn)略評估中心制定了專門的程序，以監(jiān)控預(yù)算是否按“董事會”的決定實(shí)施的。通過這些措施，斯古梅克將軍確保把資金用在最需要的地方。

前些時(shí)，新上任的美國特種作戰(zhàn)指揮部指揮官霍蘭德已正式向五角大樓提出，將４ ７００人的特種作戰(zhàn)部隊(duì)增加９ ０００人，在２００４年１０月１日開始的５年期間，他需要２３０億美元的額外經(jīng)費(fèi)?；籼m德的要求表明美國特種部隊(duì)將向“特工化轉(zhuǎn)型”，肩負(fù)在全球范圍內(nèi)執(zhí)行打擊“基地”和其他恐怖組織的重任。

五角大樓目前正在核定２００４至２００９會計(jì)年度的預(yù)算，預(yù)定１２月送交白宮。美國特種作戰(zhàn)指揮部目前的年度預(yù)算是４９億美元，占五角大樓預(yù)算的１．３％?；籼m德提出增加兵員數(shù)目的比例遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于其他軍種。他增加２３０億美元預(yù)算的要求，將使特種作戰(zhàn)指揮部經(jīng)費(fèi)在５年期間每年增加４６億美元。這幾乎比目前的正常經(jīng)費(fèi)多出一倍。

美軍在阿富汗進(jìn)行反恐戰(zhàn)爭后，雖然推翻了塔利班政權(quán)，但并沒有消滅“基地”組織。１０個(gè)月已經(jīng)過去了，逮捕“基地”分子的行動越來越困難?！盎亍狈肿舆€和塔利班殘余分子相互勾結(jié)，在阿富汗制造了大量恐怖事件。在世界各地，“基地”組織也在頻繁活動，僅在“９·１１”一周年前夕，美國情報(bào)機(jī)構(gòu)就接獲了上千條恐怖活動警告，迫使美國政府把警戒等級從“黃色”提高到“橙色”。這使美國“大當(dāng)家的”非常懊惱。美國國防部長拉姆斯菲爾德也不滿意區(qū)域指揮官的表現(xiàn)，認(rèn)為各地抓獲的恐怖分子無論從質(zhì)量或數(shù)量都不盡人意，他歸咎于各軍種各部門“指揮不當(dāng)，協(xié)調(diào)不力”。

由于下一階段的反恐戰(zhàn)將會既激烈但也更加隱蔽，美國高層多次商討是否把全球打擊恐怖主義戰(zhàn)爭的指揮權(quán)，大部分劃歸特種作戰(zhàn)指揮部。

拉姆斯菲爾德和特種部隊(duì)指揮官霍蘭德將軍會晤，商討如何加速逮捕或殲滅“基地”組織恐怖分子。當(dāng)時(shí)，五角大樓力圖低調(diào)處理這次會見，稱這是一次“例行會晤”，就像拉姆斯菲爾德與其他高級將領(lǐng)類似會談一樣。實(shí)際上，在這次會見中拉姆斯菲爾德已向霍蘭德吐露了他的想法。

９月上旬，拉姆斯菲爾德和美國軍方其他區(qū)域指揮官在波林空軍基地召開會議，專門討論特種部隊(duì)職責(zé)轉(zhuǎn)移事宜。據(jù)悉，拉氏和特種作戰(zhàn)部隊(duì)高級指揮官都對這一改變“非常熱衷”。這些高級軍官認(rèn)為，特種作戰(zhàn)指揮部真正有了指揮權(quán)后，將在世界各地的反恐行動中大顯身手。

指揮權(quán)改變后，美國中央指揮部指揮官弗蘭克斯仍繼續(xù)負(fù)責(zé)阿富汗的所有軍事行動，弗蘭克斯也指揮了對伊拉克發(fā)動的戰(zhàn)爭。而在巴基斯坦境內(nèi)的特種作戰(zhàn)部隊(duì)指揮權(quán)移交給特種作戰(zhàn)指揮部。