此后，靈童的一切生活均由曲吉、索朗堅參和兩名朗生（傭人）服侍，他人不得接近，就連靈童的父母也不例外。

1688 年3 月7 日，倉央嘉措即將年滿5 歲的時候，第巴桑結嘉措聽取了索朗堅參關于靈童身體形態(tài)、言談舉止、神情觀感等方面的情況匯報，“歡快異常，百感交集”，認定秘尋靈童成功。

3 月25 日， 桑結嘉措再次派人送了大批祜佑神像、凈水、茶葉等禮物給新選定的靈童，并且安排人把專門供奉布達拉宮的精細糌粑以供神的名義定期定量送往靈童暫居地。至此，倉央嘉措正式被認定為五世達賴的轉世靈童，開始接受嚴格、系統(tǒng)的教育。

1688 年10 月1 日，倉央嘉措正式啟蒙，開始學習藏文30 個字母。教授他的老師都是由布達拉宮派出的最優(yōu)秀的學者。根據(jù)有關對布達拉宮的匯報，靈童“聰明異?！?，很多內容就像過去已經(jīng)學習過一樣。從1689 年開始，6歲的倉央嘉措開始同前世一樣，自覺地修持午后不食的戒律，祭奉“九大舞姿神女”之像，并且表現(xiàn)出預測吉兇的能力。1690 年8 月5 日，第巴桑結嘉措派曲吉、珠堅林巴· 羅桑歐珠等學問精深的高僧擔任經(jīng)師，指導靈童正式聞習佛法。

1691 年2 月8 日，第巴桑結嘉措收到了靈童的親筆信，報告其近況。隨即，他回贈給靈童一批唐卡、哈達、佛祖釋迦牟尼像、法王宗喀巴大師像、蓮花生大師三尊像、制勝女神像及平常所用的7 副本尊護法神像等物。從此，幼小的倉央嘉措與第巴之間有了書信往來。    這一年的10 月2 日，倉央嘉措開始學習《內、外、別三種時輪》，背誦《九九表》，練習算術和粉板字。

自1692 年起，布達拉宮對小倉央嘉措的照顧更加周密，各種制作精美的各地風味食品、水果、衣服及用具等源源不斷地從拉薩運來，而且逢年過節(jié)都有賀信和禮品。小倉央嘉措的學習也更加勤奮，他系統(tǒng)學習了五世達賴著的《菩提道次弟論講義》、仁蚌巴著的《詩鏡注釋》、《除垢經(jīng)》、《釋迦百行傳》等，并在此期間完成了《馬頭明王修行法》一文的撰寫。

1695 年，12歲的倉央嘉措已經(jīng)可以親自主持隆重的供祭法事，祭奠眾護法神。比如，這一年，他主持向護法神母進行了五次祭祀。