第三派則是奉系。奉系首領張作霖，綠林出身，辛亥段祺瑞革命后逐漸嶄露頭角，被袁世凱用為鎮(zhèn)壓東北反袁勢力的一顆重要棋子。張作霖與袁世凱的淵源本沒有馮國璋、祺瑞等人那么密切，因此從一開始就具有一定的獨立性。加上張作霖在袁世凱死后手握東北三省，進可窺視關內，退可確保關外，逐漸發(fā)展勢力，成為東北一地的無冕之王。

除了北洋系以外，反袁陣營內的各派勢力也經(jīng)歷了一次消長和整合。以梁啟超為精神領袖的進步黨在倒袁過程中起了關鍵作用。在袁世凱倒臺后，蔡鍔一度占領了四川并出任川督，但不久便因病赴日，死于日本。四川很快落入他人之手，進步黨系在失去一個優(yōu)秀領導人的同時也失去了地盤。孫中山的中華革命黨則在倒袁成功以后，樂觀地認為“破壞既終，建設方始，革命名義，已不復存”，不但解散了各地的中華革命軍，而且把精力集中到國會斗爭方面。在倒袁運動中，孫中山等人就采取了當初反清的冒險起義形式，在整個護國戰(zhàn)爭中被邊緣化；在倒袁成功以后，他們又主動放棄爭奪地盤，這就注定了他們在這個亂世的局面中很難有所作為。

另外一批人則是借倒袁而崛起的西南軍閥，尤其以廣西的陸榮廷和云南的唐繼堯實力最為強大。陸榮廷在清末為廣西提督，在辛亥革命后，迫于壓力宣布“附和共和”，但又曾參與鎮(zhèn)壓“二次革命”。袁世凱稱帝后，陸榮廷趁機宣布廣西獨立，并趁亂攻入廣東，驅逐親袁世凱的廣東都督龍濟光，自此雄踞兩廣。唐繼堯早年留學日本，加入中國同盟會，自1913年就成為云南都督，是云南一地的地頭蛇，也因為護國運動而聲名大噪。陸榮廷和唐繼堯兩人，一個控制兩廣，虎視湖南，一個掌握云南，觸及貴州，又遠眺四川，在名義上從屬北京中央政權，實際上自行其是，不奉號令。

這樣，中央政府控制不住地方，北方和南方在討袁過程中分裂兩半，這就為后來形成軍閥混戰(zhàn)的局面埋下了伏筆。

即使在中央政府內部，也是明爭暗斗，國民黨、進步黨和北洋派在中央政府三足鼎立。所謂“黨內無派，千奇百怪”，在國民黨和進步黨內部也劃分為各種派系，各個派系之間完全沒有“精誠團結”的風貌，互相傾軋，甚至公開吵架，在國會中大打出手。南北斗爭在這個時候也插了進來，最終矛盾集中演變?yōu)橐钥偨y(tǒng)黎元洪為代表的總統(tǒng)“府”和以總理段祺瑞為代表的國務“院”之間的一場政壇大角力。

二、暗戰(zhàn) 府院之爭

府院之爭可以說是中國近代政治史上的一出“鬧劇”，在總統(tǒng)府和國務院之間的明爭暗斗之下，掩藏著錯綜復雜的政治背景。

總統(tǒng)黎元洪，武昌起義前為駐武昌的新軍第二十一混成協(xié)統(tǒng)。在武昌起義以后，由于起義軍找不到一個合適的領袖人物出來主持湖北軍政府，當時還躲在朋友家中的黎元洪就被當做“社會名流”給起義軍抓了出來，趕鴨子上架成了湖北軍政府都督。一個清朝軍官因此搖身一變成了民國的締造者，在中華民國成立以后，黎元洪就成為民國的副總統(tǒng)。袁世凱死后，他以副總統(tǒng)的身份成為“眾望所歸”的總統(tǒng)人選。

也正是因為如此，黎元洪這個集各種“陰差陽錯”于一身的總統(tǒng)一無兵權，二無人脈，三無勢力背景。國務總理段祺瑞作為袁世凱后北洋系的實力派人物，本不將黎元洪放在眼里，只希望將之作為一個“傀儡總統(tǒng)”、“擺設總統(tǒng)”，所以他處處以《臨時約法》規(guī)定的“責任內閣制”為托詞，不讓黎元洪干預北京政府的政事。但黎元洪又不是一個甘心束手之人，對段祺瑞的施政多所干預，加上一些政治派系出于自己的利益站到了黎元洪一邊為之搖旗吶喊，黎段兩人的矛盾迅速升級。